Secara geografis, Kabupaten Kotabaru terletak antara 2⁰20'–4⁰56’ Lintang Selatan dan 115⁰29'–116⁰30' Bujur Timur; sedangkan pembagian Grid Provinsi terletak antara Grid AD–CH dan 34–57 dengan salib sumbu Grid pada koordinat UTM X = 331.931–450.530 m dan Y = 9.453.901–9.744.170 m.

Letak Kabupaten Kotabaru di sebelah Tenggara Provinsi Kalimantan Selatan, yang berbatasan dengan :

• Sebelah Utara berbatasan Kabupaten Pasir,  Kalimantan Timur
  
• Sebelah Barat berbatasan Kabupaten Balangan, Kabupaten Hulu Sungai Tengah, Kabupaten Banjar dan Kabupaten Tanah Laut,
  
• Sebelah Selatan berbatasan Kabupaten Tanah Bumbu dan Laut Jawa,
  
• Sebelah Timur berbatasan Selat Makassar.

Sebagian wilayahnya terdiri dari beberapa pulau dan sebagian lagi wilayah daratan yang terletak di Pulau Kalimantan.   Pulau-pulau besar dan kecil yang dimiliki Kabupaten Kotabaru berjumlah 109 buah, di antaranya, yaitu: Pulau Laut, Pulau Sebuku, Pulau Kerayaan, Pulau Kerumputan, Pulau Kerasian, Pulau Marabatuan, Pulau Kunyit dan sebagainya.  Secara administratif, Kabupaten Kotabaru dibagi menjadi 20 kecamatan dan 201 Desa dan 5 kelurahan.