Pada tanggal 25 Maret 1947 Pemerintah Republik Indonesia dan Belanda melakukan perjanjian Linggarjati yang salah satu isinya menyebutkan bahwa "Pemerintah Belanda dan Pemerintah RI bersama-sama menyelenggarakan berdirinya sebuah negara berdaulat dan demokratis yang dinamai Negara Indonesia Serikat, terdiri dari Republik Indonesia, Borneo dan Timor Besar". Kemudian karena isi perjanjian tersebut dilanggar oleh pihak Belanda dengan mengadakan Perang Kolonial I (21 Juli 1947).

Setelah itu atas jasa-jasa baik Komisi Tiga Negara diadakan perundingan kembali yang dinamakan persetujuan Renville (27 Januari 1948) dimana salah satu isi pasalnya menyatakan dalam waktu kurang dari enam bulan dan tidak lebih dari satu tahun sesudah ditanda tangani, maka di berbagai daerah di Jawa, Sumatera dan Madura akan diadakan pemungutan suara untuk menentukan apakah rakyat di daerah tersebut akan turut di dalam Republik Indonesia atau masuk dalam lingkungan Negara Indonesia Serikat.

Atas dasar kedua persetujuan tersebut penguasa Belanda/NICA membentuk Pemerintahan dengan nama Dewan Kalimantan Tenggara dan lanschap-lanschap, kemudian Pemerintah Belanda mengadakan plebisit di seluruh penduduk untuk menentukan pilihan apakah masuk ke Republik Indonesia, Borneo atau Timur Besar yang diadakan di sekolah Rakyat Baharu (Sekarang SDN Akhmad Yani/Batuah). Hasil dari plebisit tersebut, penduduk tetap menghendaki Kalimantan Tenggara sebagai Daerah Republik Indonesia.

Setelah mengetahui keinginan rakyat Kalimantan Tenggara, penguasa Belanda waktu itu tidak mau melaksanakan apa yang dikihendaki rakyat tersebut, sehingga mendapat perlawanan dari pemuda yang ingin bergabung dengan Pemerintah Republik Indonesia dan pada bulan Oktober 1949 bendera merah putih dikibarkan di Pasar Pagatan, kemudian membentuk suatu Badan yang bernama Komite Nasional Indonesia Kotabaru dan Komite Nasional Indonesia Pagatan. Disamping mengadakan demonstrasi-demontrasi, tuntutan-tuntutan berupa mosi, resolusi dan sebagainya, pada bulan Pebruari 1950 berangkatlah sebuah delegasi atas nama Rakyat Daerah Kalimantan Tenggara menuju Jogyakarta dan Jakarta untuk menghubungi dan menyampaikan resolusi kepada Pemerintah Republik Indonesia Serikat. Setelah delegasi tersebut kembali ke Kotabaru dan Pagatan, keadaan pergolakan yang menuntut dibubarkannya Dewan Kalimantan Tenggara dan masuknya Kalimantan Tenggara kedalam Republik Indonesia di Jogyakarta makin memuncak. Untuk mencegah agar Dewan Kalimantan Tenggara ketika itu jangan dibubarkan secara paksa oleh rakyat, maka dewan kembali mengambil kebijaksanaan untuk mengirim utusan ke Jogyakarta dan ke Jakarta untuk menemui Pemerintah Republik Indonesia dan Pemerintah Republik Indonesia Serikat. Adapun delegasi tersebut diwakili oleh M.Jamjam (Dewan Kalimantan Tenggara), A. lmberan (Dewan Landshap Cantung Sampanahan), K.H.M.Arief (Dewan Landshap P.Laut), K. Asyikin Noor (Dewan Landshap Pagatan).

Pada tanggal 4 April 1950 Dewan Kalimantan Tenggara dibubarkan dan dimasukkan kedalam wilayah Republik Indonesia (Jogyakarta) lewat Keputusan Presiden Republik Indonesia Serikat Nomor 137 dan nomor 138 Kemudian pada tanggal 29 Juni 1950 dikeluarkan surat keputusan Menteri Dalam Negeri Republik Indonesia tentang pembentukan wilayah-wilayah Pemerintah yaitu Kabupaten-Kabupaten, Daerah-Daerah Swapraja dalam propinsi Kalimantan. Maka daerah Kalimantan Tenggara dulu diubah menjadi Kabupaten Kotabaru dengan ibukotanya adalah Kotabaru, sedang yang diangkat sebagai kepala Daerah adalah M. Yamani. Sesudah itu keluar Peraturan Pemerintah tanggal 30 Juni 1950 sebagai pengganti undang-undang No. 2 tahun 1950 tentang Pembentukan Dewan Perwakilan Rakyat Daerah Sementara dan Dewan Pemerintahnya untuk seluruh daerah Republik Indonesia. Yang kemudian diikuti dengan surat Keputusan Gubernur Kalimantan tanggal 14 Agustus 1950 No.186/OPB/92/14 didalam Bab II pasal 4 menyatakan bahwa Badan-Badan Pemerintah Kabupaten terdiri dari Dewan Perwakilan Rakyat dan Dewan Pemerintah Daerah.

Untuk Kabupaten Kotabaru jumlah anggota DPR sebanyak 20 orang diketuai oleh A. Asyikin Noor dan anggota Dewan Pemerintah Daerah sebanyak 3 orang yaitu Mukhtar Hamjah, Usman Dundrung dan Andi Kumala Noor.

Adapun wilayah Kabupaten Kotabaru menurut undang-undang darurat No.3 tahun 1953 tentang pembentukan (Resmi) Daerah Otonomi Kabupaten/Daerah Istimewa Tingkat Kabupaten dan Kota Besar dalam lingkungan Daerah propinsi Kalimantan menyatakan bahwa wilayah Kabupaten Kotabaru meliputi Kawedanan-kawedanan Pulau Laut, Tanah Bumbu Selatan, Tanah Bumbu Utara dan Pasir. Kemudian dengan Undang-Undang Darurat No. 3 Tahun 1953 sebagai undang-undang dan menyatakan bahwa wilayah Kabupaten Kotabaru dikurangi dengan Kawedanan Pasir. Sejak penetapannya menjadi Kabupaten di wilayah Republik Indonesia, Kabupaten Kotabaru telah dipimpin oleh tiga belas orang Bupati

LINTASAN SEJARAH

Menurut riwayatnya, Kabupaten Kotabaru terdapat beberapa kera|aan-kerajaan kecil diantaranya kerajaan Cengal Manunggul dan Bangkalan, Batulicin, Sebamban, Pasir, Cantung dan Sempanahan dan kerajaan besar seperti Kusan dan Pagatan , serta Pulau Laut.

Kerajaan Kusan dan Pagatan didirikan sekitar tahun 1786 oleh Pangeran Amir seorang pangeran yang melarikan diri dari kerajaan Kayu Tangi. Pangeran Amir bergelar raja Kusan I. Setelah beliau wafat diganti oleh Pangeran Musa adik dari Sultan Adam Kayu Tangi yang kemudian bergelar Raja Kusan II. Sekitar Tahun 1820 Kapitan La hanggawa diakui oleh Sultan Sulaiman (keponakan Pangeran Amir) dari Kayu Tangi sebagai raja Pagatan. Baik raja Kusan II maupun Raja Pagatan, keduanya takluk dibawah Sultan Kayu Tangi dan diharuskan membayar upeti. Setelah Raja Kusan II mangkat, ia digantikan anaknya Pangeran Napis dan bergelar Raja Kusan III.

Pada tahun 1840, Pangeran Napis meninggal dan digantikan dengan puteranya Pangeran Jaya Sumitra yang bergelar raja Kusan IV dan kemudian beliau memindahkan pusat kerajaan ke Salino di Pulau Laut yang terletak berseberangan dengan muara Pagatan, dan menyerahkan kerajaan Kusan kepada Arung Abdul Karim yang kemudian menjadi raja Kusan Dan Pagatan. Tahun 1881 Pangeran Jaya Sumitra meninggal dunia dan diganti oleh putra sulungnya yang bernama Pangeran Husin Kusuma yang bergelar Raja Pulau Laut IV. Setelah pangeran Husin Kusuma meninggal saat menunaikan ibadah haji pada tahun 1900, kedudukan beliau digantikan oleh putranya Pangeran Aminullah dengan gelar Raja Pulau Laut V yang merupakan raja Pulau Laut terakhir.

Pada tahun 1905 kerajaan- kerajaan dihapuskan oleh pemerintah Belanda , maka dengan demikian berakhirlah kekuasaan raja-raja dengan seluruh pemerintahannya, pemerintahan beralih langsung dilaksanakan dan dipegang pemerintah kolonial Belanda dan hal ini berjalan hingga tahun 1942 sewaktu tentara jepang menduduki Kotabaru dan daerah sekelilingnya.

Jepang mengalami kekalahan perang pada tahun 1945, setelah itu mulailah pergerakan kemerdekaan di wilayah Kalimantan Tenggara.